Cuối tháng 8/2014, Bộ Tài nguyên và Môi trường và Bộ Nội vụ đã ban hành Thông tư liên tich số 50/2014/TTLT-BTNMT-BNV Hướng dẫn chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Sở Tài nguyên và Môi trường thuộc Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương, Phòng Tài nguyên và Môi trường thuộc Ủy ban nhân dân huyện, quận, thị xã, thành phố thuộc tỉnh.
Theo đó, Sở Tài nguyên và Môi trường sẽ thực hiện chức năng tham mưu, giúp Ủy ban nhân dân cấp tỉnh quản lý nhà nước về tài nguyên và môi trường gồm các lĩnh vực: Đất đai, tài nguyên nước, tài nguyên khoáng sản, địa chất, môi trường, khí tượng thủy văn, biến đổi khí hậu, đo đạc và bản đồ, quản lý tổng hợp và thống nhất về biển và hải đảo, quản lý và tổ chức thực hiện các dịch vụ công về các lĩnh vực thuộc phạm vi chức năng Sở.
Đối với lĩnh vực tài nguyên nước, Sở Tài nguyên có nhiệm vụ lập và thực hiện quy hoạch tài nguyên nước, kế hoạch các vấn đề liên quan đến nguồn nước cũng như việc phòng, chống và khắc phục hậu quả do nước gây ra trên lưu vực sông nội tỉnh. Khoanh định vùng cấm, vùng hạn chế, vùng đăng ký khai thác nước dưới đất, vùng cần bổ sung nhân tạo nước dưới đất và lập danh mục hồ, ao, đầm, phá không được san lấp.
Đồng thời, xây dựng, quản lý hệ thống giám sát hoạt động khai thác, sử dụng tài nguyên nước, xả nước thải vào nguồn nước đối với lưu vực sông nội tỉnh; Tổ chức ứng phó các sự cố về nguồn nước và bảo vệ nguồn nước đảm bảo nguồn nước phục vụ cấp nước sinh hoạt trong trường hợp hạn hán, thiếu nước hoặc xảy ra sự cố ô nhiễm nguồn nước.
Thông tư cũng quy định, Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh tiến hành việc thẩm định hồ sơ, gia hạn, điều chỉnh các vấn đề về giấy phép tài nguyên nước, về thu các phí lệ phí tài nguyên nước theo quy định, cũng như việc tổ chức thực hiện các hoạt động điều tra cơ bản, giám sát tài nguyên nước theo phân cấp, kiểm kê, thống kê, lưu trữ số liệu tài nguyên nước trên địa bàn và báo cáo lên Bộ Tài nguyên và Môi trường.
Thông tư liên tich số 50/2014/TTLT-BTNMT-BNV cũng quy định về cơ cấu tổ chức của Sở Tài nguyên và Môi trường, Lãnh đạo Sở có Giám đốc và không quá 03 Phó Giám đốc, riêng Sở Tài nguyên và Môi trường thành phố Hà Nội và Thành phố Hồ Chí Minh có không quá 04 Phó Giám đốc.
Các tổ chức tham mưu tổng hợp và chuyên môn, nghiệp vụ gồm có: Văn phòng, Thanh tra, Phòng Kế hoạch - Tài chính, Phòng Đo đạc Bản đồ và Viễn thám, Phòng Khí tượng Thủy văn và Biến đổi khí hậu, Phòng Khoáng sản, Phòng Tài nguyên nước, Chi Cục Bảo vệ môi trường, Chi Cục Quản lý đất đai trường, Chi Cục Biển và Hải đảo (chỉ thành lập đối với các tỉnh, thành phố có biển, có không quá 03 phòng). Ngoài ra, còn các đơn vị sự nghiệp công lập gồm có các Trung tâm: Trung tâm Công nghệ thông tin tài nguyên và môi trường, Trung tâm Phát triển quỹ đất, Trung tâm Quan trắc tài nguyên và môi trường, Văn phòng đăng ký đất đai, Trung tâm Kỹ thuật tài nguyên và môi trường.
Về chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Phòng Tài nguyên và Môi trường cấp huyện, Thông tư quy định, Phòng Tài nguyên và Môi trường là cơ quan chuyên môn thuộc UBND cấp huyện thực hiện chức năng tham mưu, giúp UBND cấp huyện quản lý nhà nước về tài nguyên và môi trường gồm: đất đai, tài nguyên nước, khoáng sản, môi trường, biến đổi khí hậu, biển và hải đảo (đối với các huyện có biển, đảo).
Phòng Tài nguyên và Môi trường cấp huyện có nhiệm vụ trình UBND cấp huyệ ban hành quyết định, chỉ thị; quy hoạch, kế hoạch dài hạn, 05 năm và háng năm; chương trình, biện pháp tổ chức thực hiện các nhiệm vụ cải cách hành chính thuộc lĩnh vực tài nguyên và môi trường; Tổ chức thực hiện các văn bản pháp luật, quy hoạch, kế hoạch sau khi được phê duyệt; thông tin, tuyên truyền, phổ biến giáo dục pháp luật về tài nguyên và môi trường; theo dõi thi hành pháp luật về tài nguyên và môi trường; …
Thực hiện các biện pháp bảo vệ chất lượng tài nguyên nước, nguồn nước sinh hoạt tại địa phương; điều tra, thống kê, toognr hợp và phân loại giếng phải trám lấp; kiểm tra việc thực hiện trình tự, thủ tục, yêu cầu kỹ thuật trong việc trám lấp giếng; Tổ chức ứng phó, khắc phục sự cố ô nhiễm nguồn nước; theo dõi, phát hiện và tham gia giải quyết sự cố ô nhiễm nguồn nước liên quốc gia theo thẩm quyền; Tổ chức đăng ký hoạt động khai thác, sử dụng tài nguyên nước, xả nước thải vào nguồn nước theo thẩm quyền; … Tổ chức thực hiện các quy định của pháp luật về bảo vệ môi trường, tài nguyên đất, tài nguyên nước, tài nguyên khoáng sản, bảo vệ tài nguyên, môi trường biển và hải đảo (đối với các huyện có biển, hải đảo);…
Hướng dẫn, kiểm tra chuyên môn, nghiệp vụ quản lý nhà nước về tài nguyên và môi trường đối với công chức chuyên môn về tài nguyên và môi trường thuộc UBND cấp xã.
Về tổ chức và biên chế, Phòng Tài nguyên và Môi trường có Trưởng phòng, không quá 02 Phó Trưởng phòng và các công chức chuyên môn nghiệp vụ. Biên chế công chức của Phòng được giao trên cơ sở vị trí việc làm, gắn với chức năng, nhiệm vụ, phạm vi hoạt động và nằm trong tổng biến chế trong chức trong cơ quan, tổ chức hành chính của huyện.