Một vùng đồng bằng 39.734 km2, được hình thành từ sự bồi đắp phù sa màu mỡ của sông Mêkông - châu thổ Cửu Long từ lâu đã là vựa lúa, vựa trái cây, vựa thủy sản nước ngọt, đồng thời cũng là vùng đa dạng sinh học phong phú bậc nhất thế giới, với hệ sinh thái rừng ngập mặn ven biển, đất ngập nước, có vai trò cực kỳ quan trọng trong việc điều hòa khí hậu, bảo tồn sinh quyển, bảo tồn thiên nhiên, đảm bảo an ninh lương thực và cung cấp thực phẩm cho quốc gia, khu vực và thế giới.
Thế nhưng, vùng đồng bằng phì nhiêu này đang phải đối mặt với nguy cơ suy kiệt về tài nguyên và môi trường thiên nhiên bị tàn phá bởi sự tác động của BĐKH, nước biển dâng và sự tác động của con người gây ra, với những hoạt động gây ô nhiễm môi trường, khai thác tài nguyên quá mức và đáng báo động nhất là tình trạng khai thác tài nguyên nước làm thủy điện một cách ồ ạt trên dòng chính sông Mêkông.
Chỉ một dự án xây dựng đập thủy điện trên dòng chính sông Mêkông của Lào (đang tạm hoãn 10 năm) ĐBSCL đã có thể mất khoảng 6,32 tỉ m3 nước/năm, trong đó có khoảng 3,92 tỉ m3 (300 m3/giây) trong 5 tháng mùa khô (từ tháng 12 đến tháng 4); làm giảm lượng phù sa từ 26 triệu tấn/năm còn khoảng 7 triệu tấn/năm; lượng dinh dưỡng sẽ suy giảm từ 4.000 tấn/năm còn hơn 1.000 tấn/năm… từ đó sẽ làm giảm năng suất và tăng chi phí sản xuất trên một 1ha trồng lúa. Việc Trung Quốc đã xây dựng 4 đập thủy điện trong thời gian qua đã và đang gây ảnh hưởng rất nghiêm trọng đến môi trường thiên nhiên, môi sinh của hàng chục triệu người trong lưu vực sông Mêkông - đặc biệt là các vùng đồng bằng trù phú như vùng châu thổ Cửu Long.
Chính những công trình thủy điện "đổ bê tông" ngăn dòng nước ngọt từ thượng nguồn sông Mêkông cùng với sự tác động của hiện tượng BĐKH đã khiến tình trạng xâm nhập mặn tại ĐBSCL diễn biến phức tạp, thất thường. Năm 2010 và đầu năm nay, lưỡi mặn 1g/lít đã đi sâu vào đất liền 70km khiến năng suất lúa bị giảm sút nghiêm trọng. Chỉ tính riêng tỉnh Bến Tre, nhiễm mặn đã làm giảm năng suất trên 1.570ha lúa, 4.500ha đất phải bỏ hoang… thiệt hại hàng trăm tỉ đồng. Cũng do BĐKH, thay đổi dòng chảy nhiều khu rừng ngập mặn ven biển tại Cà Mau, Bạc Liêu, Sóc Trăng đã bị xâm thực, cuốn trôi ra biển cùng với hiện tượng sạt lở ven các dòng sông trong nội địa vùng ĐBSCL cũng đang diễn biến phức tạp.
Nhiều diện tích trồng lúa vùng ĐBSCL đã bị tấn công, nguy cơ vựa lúa lớn của thế giới sẽ biến mất là hoàn toàn có thể xảy ra. Lượng phù sa, khoáng vật, thủy sản tự nhiên theo dòng nước ngọt của sông Mêkông về ĐBSCL đang suy kiệt dần và còn ảnh hưởng lớn đến năng suất thủy sản nuôi trồng ven biển vùng ĐBSCL. Môi trường đã và đang bị ảnh hưởng rất nghiêm trọng, hệ sinh thái rừng ngập mặn ven biển, đất ngập nước đặc trưng của ĐBSCL - hệ sinh thái tiêu biểu trên thế giới, với 2 Khu dự trữ sinh quyển của thế giới là Kiên Giang (diện tích 1,1 triệu ha) và Mũi Cà Mau (371.506ha), cùng hàng chục Vườn Quốc gia, khu bảo tồn thiên nhiên đất ngập nước… với sự đa dạng phong phú các chủng loại động vật và thực vật đã lâm vào tình thế bị đe dọa.
So với những lợi ích có thể thống kê được của các công trình đập thủy điện thì những thiệt hại mà các công trình này gây ra là rất lớn, rất khó thống kê, ảnh hưởng lâu dài và trên diện rộng. Đó chính là suy giảm nguồn nước, tàn phá môi trường sinh thái, đe dọa tình hình an ninh lương thực và sinh kế của hàng chục triệu người dân các nước trên lưu vực sông Mêkông. Thế nhưng, hiện Trung Quốc vẫn đang dự kiến xây dựng tiếp 8 đập thủy điện trên thượng nguồn sông Mêkông và các nước trong lưu vực cũng có dự định triển khai 12 công trình đập thủy điện khác trên dòng chính vùng hạ lưu của con sông này.
Vùng biển ĐBSCL sẽ trở thành "vùng biển sa mạc" là thông điệp cảnh báo - nếu tất cả các đập thủy điện dự kiến xây dựng trên sông Mêkông được triển khai. Nếu xây dựng các đập thủy điện, nước ngọt được giữ lại, những khu sinh thái đất ngập nước sẽ khô cạn, phá vỡ đặc trưng khiến nhiều loại động thực vật không thể tồn tại (trong đó có loài sếu đầu đỏ đã được ghi vào Sách đỏ thế giới). Tổ chức Bảo tồn thiên nhiên thế giới cũng đã cảnh báo: Nguy cơ "xóa sổ" những khu dự trữ sinh quyển của thế giới tại ĐBSCL là hoàn toàn có thể xảy ra nếu những đập thủy điện trên dòng chính sông Mêkông đồng loạt xây dựng.