Trạm quan trắc môi trường xuyên biên giới tại Lào Cai và An Giang có nhiệm vụ quan trắc môi trường nước, trầm tích để đánh giá mức độ ô nhiễm xuyên biên giới tại hệ thống sông Hồng và sông Mê Kông.
Đây là công việc đầu tiên, quan trọng thực hiện "Chương trình điều tra, đánh giá mức độ ô nhiễm xuyên biên giới đối với hệ thống sông Hồng và sông Mê Kông" được triển khai từ năm 2009 đến 2011, nhằm theo dõi, đánh giá thực trạng, mức độ và diễn biến của các tác nhân ô nhiễm xuyên biên giới tại hai hệ thống sông lớn nhất Việt Nam; định hướng công tác kiểm soát ô nhiễm xuyên biên giới đến năm 2015 và giai đoạn tiếp theo ở qui mô, phạm vi, đối tượng rộng hơn.
Với nguồn kinh phí từ Bộ Tài nguyên&Môi trường và của tỉnh, đến nay, phòng thí nghiệm phân tích và trạm quan trắc ô nhiễm xuyên biên giới tại An Giang (đặt tại sông Hậu) được đầu tư khá đầy đủ, đáp ứng công tác quan trắc trên địa bàn tỉnh và phục vụ mục tiêu của quốc gia.
Trạm đã thiết kế mạng lưới quan trắc môi trường nền (đất, nước, không khí), môi trường tác động ( từ các hoạt động nuôi trồng thủy sản, khu công nghiệp, đô thị, giao thông vận tải). Tuy nhiên số lượng điểm quan trắc vẫn còn biến động, chưa được thống nhất và tần suất quan trắc còn thấp và mới quan trắc tự động 24/24 giờ đối với năm chỉ tiêu độ pH, DO, độ dẫn, độ đục và ORP.
Tỉnh An Giang đã quan tâm đầu tư nhân lực và kinh phí định kỳ cho trạm. Đến nay trạm đã có 25 người, trong đó tổ quan trắc, tổ kỹ thuật, tổ phân tích đều được bố trí các kỹ sư chuyên ngành, nhiều người tiếp tục được đào tạo sau đại học. Từ năm 2009, tỉnh An Giang đã bố trí kinh phí vận hành , thực hiện chương trình quan trắc định kỳ 1.000.000.000 đồng.
Do nguồn kinh phí đầu tư từ Trung ương và địa phương còn hạn chế, đến nay trạm quan trắc xuyên biên giới tại Lào Cai vẫn còn thiếu thiết bị, chưa đồng bộ, mới chỉ đáp ứng được một phần nhu cầu quan trắc trên địa bàn.
Sau khi hợp nhất trạm quan trắc mưa a xít với trạm quan trắc ô nhiễm xuyên biên giới và chuyển giao cho Chi cục Bảo vệ Môi trường quản lý, nhân lực của trạm đã được tăng lên, nhưng vẫn còn thiếu các kỹ thuật viên tham gia trực tiếp công tác quan trắc, phân tích.
Đến nay, trạm vẫn chưa xây dựng được mạng lưới quan trắc, và mới thực hiện quan trắc 3 chỉ tiêu (độ pH, độ dẫn điện, nhiệt độ); phòng thí nghiệm phân tích vẫn chưa đi vào hoạt động.
Để tháo gỡ khó khăn, nâng cao chất lượng kiểm soát ô nhiễm môi trường xuyên biên giới tại sông Mê Kông, sau đợt khảo sát thực tế, Tổng cục Môi trường kiến nghị nâng cấp hai trạm quan trắc xuyên biên giới tại Lào Cai và An Giang thành trạm quốc gia, với cơ chế hoạt động, quản lý, điều hành phù hợp để hai trạm hoạt động liên tục, có hệ thống và chất lượng theo đúng yêu cầu.
Đối với hệ thống sông Mê Kông, cần đặt thêm một trạm quan trắc môi trường xuyên biên giới tại sông Tiền, nhánh chính của sông Mê Kông (trữ lượng nước chiếm khoảng 70% trữ lượng sông Mê Kông chảy vào Việt Nam); tăng thêm phương tiện vận chuyển mới đáp ứng được yêu cầu lấy mẫu và chuyển mẫu trong vòng 24 giờ bảo đảm chất lượng số liệu.
Tại Lào Cai, UBND tỉnh đã giao đất xây dựng, lắp đặt trạm quan trắc nước tự động, phòng thí nghiệm, nhưng vẫn cần tiếp tục cấp kinh phí cho hoạt động thường xuyên và bố trí đủ nhân lực cả về số lượng và chất lượng.
Tổng cục Môi trường cũng kiến nghị bổ sung thêm một số trang thiết bị cho phòng thí nghiệm, đào tạo nâng cao năng lực cán bộ; bổ sung đầu đo cho trạm tự động để nâng cao số lượng phân tích các chỉ số tại trạm quan trắc, phòng thí nghiệm tại Lào Cai.