Ngày 19 tháng 4 năm 2016, Bộ Tài nguyên và Môi trường đã ban hành văn bản số 1883/KL-BTNMT Kết luận thanh tra về việc thực hiện quy trình vận hành liên hồ chứa trên lưu vực sông Trà Khúc.
Theo đó, Đoàn thanh tra đã thực hiện thanh tra các công trình: Đăk Đrinh, Thạch Nham do Công ty Cổ phần thủy điện Đăk Đrinh và Công ty TNHH MTV khai thác công trình thủy lợi Quảng Ngãi quản lý vận hành.
Kết luận thanh tra cũng nêu rõ, trong thời gian mùa lũ năm 2015 (từ 1/9/2015 - 15/12/2015) và năm 2016 (từ 1/9/2016 đến thời điểm công bố quyết định thanh tra), trên lưu vực sông Trà Khúc không xuất hiện lũ lớn, mực nước hồ Đăk Đrinh trong suốt mùa lũ đều được đảm bảo thấp hơn cao trình mực nước cao nhất trước lũ theo quy định của Quy trình. Đối với đập dâng Thạch Nham, do công trình hồ chứa Nước Trong chưa vận hành theo quy trình nên công trình đập Thạch Nham chưa đủ điều kiện vận hành theo Quy trình liên hồ chứa trên lưu vực sông Trà Khúc tại Quyết định số 1840/QĐ-TTg ngày 29 tháng 10 năm 2015 của Thủ tướng Chính phủ.
Kết quả thanh tra cho thấy, Công ty Cổ phần thủy điện Đăk Đrinh quản lý vận hành hồ ĐakĐrinh đã thực hiện đầy đủ chế độ quan trắc, dự báo khí tượng thủy văn phục vụ vận hành hồ chưa ĐakĐrinh theo quy định của Quy trình; thực hiện việc báo cáo tình hình khai thác, sử dụng nước về Bộ Tài nguyên và Môi trường theo quy định; đã xây dựng Phương án phòng chống lũ lụt vùng hạ du đập thủy điện ĐakĐrinh; xây dựng phương án phòng chống lụt bão đảm bảo an toàn đập ĐakĐrinh.
Tuy nhiên, trong quá trình thực hiện quy trình vận hành liên hồ chứa, Công ty Cổ phần thủy điện Đăk Đrinh vẫn còn tồn tại một số nội dung như sau: Thực hiện chưa nghiêm túc việc vận hành trong thời kỳ sử dụng nước gia tăng và bình thường theo quy định tại Khoản 1, Điều 14 và Khoản 2, Điều 15 của Quy trình; và thực hiện chưa nghiêm việc duy trì dòng chảy tối thiểu sau đập theo quy định tại Điều 9 và Điều 16 của Quy trình.
Đối với Công ty TNHH MTV Khai thác CTTL Quảng Ngãi, đơn vị quản lý vận hành đập Thạch Nham đã thực hiện đầy đủ chế độ quan trắc, dự báo khí tượng thủy văn phục vụ vận hành đập Thạch Nham. Song, hiện tại đơn vị vẫn chưa có giấy phép khai thác nước mặt cho công trình đập dâng Thạch Nham theo quy định.
Để khắc phục những tồn tại trên, Bộ Tài nguyên và Môi trường kiến nghị: Ủy ban nhân dân tỉnh Quảng Ngãi chỉ đạo các đơn vị quản lý, vận hành hồ chưa thực hiện vận hành đúng Quy trình vận hành liên hồ; kiểm tra, giám sát các đơn vị quản lý, vận hành hồ chứa; chỉ đạo kiểm tra, đôn đốc các công trình chưa có giấy phép khai thác, sử dụng nước mặt phải tiến hành lập hồ sơ đề nghị cấp giấy phép theo quy định; chỉ đạo Ban Chỉ huy phòng, chống lụt, bão và Tìm kiếm cứu nạn tỉnh tổ chức thường trực, cập nhật, theo dõi diễn biến tình hình thời tiết, mưa lũ trên địa bàn và vận hành hồ chứa quy định trong Quy trình do Chính phủ ban hành để chỉ đạo phòng chống lũ, lụt và xử lý các tình huống bất thường có ảnh hưởng an toàn vùng hạ du.
Đối với các đơn vị liên quan như Trung tâm Điều độ hệ thống điện Quốc gia thực hiện huy động các nhà máy xả nước phát điện phù hợp với yêu cầu nước hạ du theo quy định của Quy trình vận hành liên hồ chứa trên các lưu vực sông; Tập đoàn điện lực Việt Nam chỉ đạo các đơn vị quản lý vận hành hồ khẩn trương xây dựng và hoàn thiện phương án để đối phó với tình huống vỡ đập, các tình huống đe dọa nghiêm trọng đến an toàn công trình, tính mạng và tài sản của nhân dân.
Riêng các đơn vị được thanh tra, cần phải khắc phục nghiêm túc và đầy đủ các tồn tại đã được nêu trong biên bản thanh tra; tăng cường phối hợp với các cơ quan, đơn vị liên quan để thực hiện nghiêm Quy trình vận hành liên hồ chưa do Thủ tướng Chính phủ ban hành. Đồng thời, báo cáo kết quả thực hiện về Ủy ban nhân dân tỉnh và Bộ Tài nguyên và Môi trường trước ngàu 31 tháng 5 năm 2017.