Sông Phan vừa là nơi cấp nước tưới cho nông nghiệp, cho sinh hoạt, vừa là nơi thoát lũ cho cả tỉnh Vĩnh Phúc nhưng hiện nay đang chết dần do nước thải, rác của những khu công nghiệp và đô thị lớn của tỉnh đổ về gây ách tắc dòng chảy, ô nhiễm môi trường nghiêm trọng.
Với lưu vực rộng trên 800 km2, dòng chảy chính sông Phan tiếp nhận phần lớn lượng nước mưa của toàn bộ sườn phía Nam của dãy Tam Đảo, dẫn nước qua vùng dân cư đông đúc và hầu hết các đô thị và khu công nghiệp chính của tỉnh Vĩnh Phúc. Sông Phan có vai trò quan trọng trong việc cung cấp nguồn nước, thoát nước và điều hoà khí hậu, bảo đảm chất lượng môi trường đất, nước của Vĩnh Phúc ở hiện tại và trong tương lai.
Tuy nhiên hiện nay, dòng sông Phan đang bị “chết” dần do toàn bộ nguồn nước thải không qua xử lý của các khu đô thị lớn, các khu cụm công nghiệp, làng nghề trên địa bàn tỉnh đổ về gây ô nhiễm nghiêm trọng. Nguy hiểm hơn, rác thải sinh hoạt, rác thải nguy hại tại các làng nghề của các xã ven sông cũng đổ ra sông Phan, nhất là đoạn chảy qua địa phận huyện Vĩnh Tường, chỗ nào cũng bị lợi dụng dòng chảy để khai thác nguồn lợi cá tôm, thả bèo, trồng rau muống phủ kín mặt sông. Nhiều đoạn bị các loại rác thải sinh hoạt, rác thải nguy hại làng nghề, vật liệu xây dựng đổ phủ kím hai bên bờ sông. Ngoài ra chất thải chăn nuôi của hàng trăm trạng trai nuôi lợn, gà cũng xả thẳng xuống sông. Nhiều đoạn do rác thải quá nhiều khiến cho dòng chảy bị thu hẹp, gây tắc nghẽn khi có mưa lớn. Bên cạnh đó, tình trạng lần chiếm mặt sông cũng làm biến dạng dòng chảy...
Theo điều tra của Sở Tài nguyên và Môi trường, mỗi ngày ít nhất từ 34- 43 ngàn m3 nước thải và hàng trăm tấn rác thải đổ về sông Phan. Qua kiểm tra, nồng độ BOD5 vượt từ 1,9 đến 2,2 lần; nồng độ COD vượt từ 2,6 đến 2,8 lần; Amoni vượt từ 1,2 đến 1,6 lần so với tiêu chuẩn QCVN 08.
Trước đây, sông Phan là con sông lớn, là tuyến giao thông thủy quan trọng. Chất lượng nước sông rất tốt, có thể khai thác được rất nhiều loại tôm cá, nước sông là nguồn nước sinh hoạt chính của hàng chục ngàn hộ dân. Các vùng đất ngập nước thuộc lưu vực sông Phan có giá trị rất lớn với những hệ sinh thái quí giá. Ven sông Phan có 237 loài thực vật bậc cao có mạch, thuộc 71 họ. Các loài động vật có thể thấy như chim, bò sát, lưỡng cư, côn trùng. Đặc trưng của thực vật nổi thủy vực xác định có 6 ngành thực vật thủy sinh chứa 11 bộ, 25 họ; 173 loài tảo và vi khuẩn lam nước ngọt...
Vĩnh Phúc chủ trương đầu tư 32 tỷ đồng hỗ trợ làm giảm thiểu ô nhiễm môi trường ở 15 xã khu vực nông thôn và khu vực sông Phan. Từ nguồn kinh phí này, tỉnh đầu tư mua sắm 2.000 xe kéo hoặc xe đẩy để thu gom, vận chuyển rác thải; mua 3 xe ô tô tải ben loại 2,5 tấn để chở rác, xây dựng 2.700 điểm tập kết và trung chuyển rác thải ở 15 xã;... để "cứu" sông Phan.