Để việc xử lý đạt hiệu quả, yêu cầu Ủy ban nhân dân tỉnh Đồng Nai với chức năng quản lý Nhà nước trên địa bàn chủ trì (phối hợp chặt chẽ với Bộ Tài nguyên và Môi trường - cơ quan quản lý Nhà nước ngành, lĩnh vực và Bộ Công an) tổ chức thực hiện nghiêm hai quyết định của Bộ Tài nguyên và Môi trường về xử lý vi phạm pháp luật về bảo vệ môi trường đối với Công ty Vedan (Quyết định số 1999/QĐ-BTNMT ngày 6-10 -2008 về việc đình chỉ hiệu lực Giấy phép xả nước thải vào nguồn nước của Công ty Vedan; Quyết định số 131/QĐ-XPHC ngày 6-10-2008 xử phạm vi phạm hành chính về bảo vệ môi trường đối với Vedan). Uỷ ban nhân dân tỉnh Đồng Nai chỉ đạo các cơ quan chức năng tổ chức giám sát chặt chẽ Công ty Vedan trong việc triển khai, thực hiện các nội dung của hai quyết định xử lý nêu trên; chỉ cho phép Công ty này thải ra môi trường nước thải, dịch thải lỏng đã xử lý đạt tiêu chuẩn Việt Nam về môi trường và chỉ được vận hành sản xuất theo công suất tương ứng đó.
1. Trong trường hợp Công ty Vedan không chấp hành đầy đủ hai quyết định xử lý nêu trên, tiếp tục gây ô nhiễm môi trường lưu vực sông Thị Vải, Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh Đồng Nai căn cứ thẩm quyền ra quyết định xử lý đối với Công ty này ở hình thức cao hơn theo quy định của pháp luật về bảo vệ môi trường như : tạm thời đình chỉ hoạt động sản xuất của công ty cho đến khi thực hiện xong biện pháp bảo vệ môi trường cần thiết; buộc di dời cơ sở đến vị trí xa khu dân cư và phù hợp với sức chịu tải của môi trường; cấm hoạt động…
2. Bộ Tài nguyên và Môi trường, Ủy ban nhân dân tỉnh Đồng Nai cần nghiêm túc kiểm điểm rút kinh nghiệm về việc thiếu sự phối hợp chặt chẽ giữa bộ máy quản lý Nhà nước về ngành, lĩnh vực với địa phương quản lý Nhà nước trên địa bàn, lãnh thổ để Công ty Vedan vi phạm nghiêm trọng, kéo dài, gây bức xúc trong nhân dân và thiếu chủ động, thống nhất trong việc ban hành và tổ chức thực hiện các quyết định xử lý vi phạm pháp luật về bảo vệ môi trường đối với Công ty Vedan; báo cáo kết quả lên Thủ tướng Chính phủ trong tháng 11/2008.
3. Để công tác bảo vệ môi trường đạt hiệu quả tốt hơn, Thủ tướng Chính phủ giao cho các Bộ: Tài nguyên và Môi trường, Tư pháp, Công an, Thanh tra Chính phủ tổ chức rà soát, nghiên cứu và đề xuất với Chính phủ xem xét để ban hành theo thẩm quyền hoặc trình Quốc hội, Ủy ban thường vụ Quốc hội sửa đổi, bổ sung các quy định của Luật Bảo vệ môi trường, Pháp lệnh Xử lý vi phạm hành chính, Bộ luật Hình sự, Luật Thanh tra và các văn bản quy phạm pháp luật khác có liên quan nhằm bảo đảm tính thống nhất, đồng bộ, hiệu lực, hiệu quả của hệ thống pháp luật trong lĩnh vực bảo vệ môi trường.