Quy trình này nhằm quy định thống nhất trình tự thẩm định các dự án xây dựng hồ, đập, dự án chuyển nước giữa các lưu vực sông do các Bộ, ngành địa phương xây dựng trước khi trình cấp có thẩm quyền phê duyệt. Quy trình được áp dụng đối với hoạt động thẩm định các dự án xây dựng hồ, đập, dự án chuyển nước giữa các lưu vực sông do các Bộ, ngành địa phương xây dựng trước khi trình cấp có thẩm quyền phê duyệt. Phòng Quản lý lưu vực sông chủ trì,  phối hợp với các phòng, đơn vị liên quan giúp Lãnh đạo Cục thực hiện quy trình này.